Ekosistem bisnis memiliki karakteristik koordinasi yang unik, dengan entitas yang tergabung tetap bersifat mandiri, namun dihubungkan oleh arsitektur bersama yang bersifat modular. Modularitas dalam ekosistem ini memungkinkan setiap komponen untuk dikelola secara independen dengan tetap menjaga koordinasi antarmodul. Dalam konteks ini, pengelola ekosistem memiliki fleksibilitas penuh dalam desain dan operasi selama konektivitas antar modul tetap terjaga. Ekosistem menjadi relevan ketika koordinasi internal menawarkan nilai yang tidak dapat dicapai melalui mekanisme pasar, namun tidak memerlukan struktur otoritas terpusat untuk berfungsi secara efektif.
Platform dirancang sebagai inti arsitektur sebuah ekosistem, termasuk untuk menerapkan tata kelola dan model bisnis. Penyedia platform diharapkan berfungsi sebagai perancang ekosistem. Namun dalam dunia bisnis dan teknologi yang selalu berubah, kesederhanaan struktur seperti ini dapat setiap saat berubah.
Penelitian dari Ceccagnoli dkk. (2012) serta Gawer & Cusumano (2008) menjelaskan bahwa ekosistem berbasis platform melibatkan penyedia platform utama dan para penyedia produk atau layanan pelengkap (komplementer). Para komplementor ini berperan penting dalam meningkatkan nilai platform bagi pelanggan. Menurut Ceccagnoli dkk. (2012), keterhubungan dengan platform tidak hanya memungkinkan inovasi dari pihak komplementor, tetapi juga memberi mereka akses ke kustomer platform, baik secara langsung maupun tidak langsung.
Selain itu, Wareham, Fox, dan Cano Giner (2014) memandang ekosistem platform sebagai suatu marketplace semi-teregulasi yang berfungsi sebagai katalisator aktivitas kewirausahaan melalui koordinasi atau arahan yang diberikan oleh penyedia platform. Cennamo dan Santaló (2013) menambahkan perspektif bahwa ekosistem platform dapat dipahami sebagai pasar multi-sisi yang memungkinkan terjadinya transaksi lintas kelompok pengguna yang berbeda, menciptakan nilai tambah melalui dinamika interaksi antara berbagai pihak dalam ekosistem tersebut.
Paper Jacobides, Cennamo, dan Gawer (2018) memaparkan perbandingan model rantai nilai pada ekosistem dibandingkan sistem lain dalam gambar di bawah.

Model rantai nilai berbasis ekosistem menawarkan pendekatan koordinasi yang berbeda dibandingkan dengan sistem berbasis hierarki dan sistem berbasis nilai pasar. Dalam sistem hierarki, aliran nilai didominasi oleh struktur vertikal yang terorganisir secara ketat, di mana entitas-entitas yang terlibat, seperti komponen atau pemasok, beroperasi dalam kerangka kerja yang ditentukan oleh produk fokus. Relasi antar komponen diatur melalui kontrol langsung, dengan tingkat persaingan yang minim tetapi lebih menekankan kerja sama untuk mencapai efisiensi operasional dalam rantai pasok. Dalam sistem berbasis nilai pasar, struktur hubungan bersifat desentralisasi sepenuhnya, di mana transaksi berlangsung secara langsung antara entitas yang berbeda tanpa peran dominan dari sebuah produk fokus atau penyedia platform. Dalam sistem ini, kompetisi menjadi elemen utama, dengan masing-masing produk atau layanan berupaya untuk menarik pelanggan secara independen.
Sebaliknya, sistem berbasis ekosistem memberikan fleksibilitas yang lebih besar melalui modularitas dan keterhubungan antar entitas. Produk fokus tetap menjadi pusat, tetapi aktor-aktor lain, termasuk komplementor, memiliki otonomi untuk berinovasi dan berkolaborasi, menciptakan nilai tambah baik secara langsung maupun tidak langsung. Komplementor tidak hanya mendukung produk fokus tetapi juga saling terhubung satu sama lain, memungkinkan terciptanya sinergi yang lebih dinamis dibandingkan sistem hierarki. Model ini tetap memerlukan koordinasi untuk memastikan integrasi dan keberlanjutan antar entitas dalam ekosistem.